Jerzy Daniel Seyler pochodził ze starej gdańskiej rodziny. Ojciec jego Gotfryd opuścił Gdańsk, ożenił się w Bazylei z Urszulą von Braun, córką rajcy i kupca i osiadł w Spirze (Niemcy), gdzie rozpoczął pracę w charakterze księgarza. Tam też urodził się 24 lutego 1686 roku Jerzy Daniel. W trzy lata później miasto zostało zniszczone przez armię francuską, więc rodzina Seylerów uciekła do Frankfurtu nad Menem. Za radą dziadka powrócili do Gdańska i zamieszkali w domu brata ojca – Christiana Seylera. Dzieciństwo Jerzy spędził w Gdańsku, tutaj uczył się pod kierunkiem ojca i prywatnych nauczycieli, potem w szkole Mariackiej i w Gimnazjum Akademickim. Rodzice pragnęli aby ich syn studiował prawo, które umożliwiało zdobycie atrakcyjnych posad w administracji, ale Jerzego bardziej pociągały studia filozoficzno-teologiczne. Rozpoczęte w Gdańsku studia kontynuował w Wittenberdze.