Jan Mylius urodził się w Igławie na Morawach w 1557 r,. w rodzinie Jany Myliusa, magistra i pastora ewangelickiego oraz Juliany z domu Spiesser. Wykształcenie początkowe otrzymał w rodzinnym domu. W następnych latach uczęszczał do szkół w Igławie i Bańskiej Bystrzycy. Studia akademickie odbył w Wittenberdze, kończąc zdobyciem tytułu magistra filozofii. W czasie studiów stał się zwolennikiem protestanckiego kierunku, zwanego filipizmem (Philippists było to określenie stosowane w drugiej połowie XVI wieku, wyznawcy Philippa Melanchthona - zwolennicy poglądów zbliżonych do katolicyzmu).